Функционирование ЕМЕП на международном уровне было организовано по двум направлениям: первое – химическая деятельность (мониторинг), а второе – метеорологическая деятельность (моделирование). Координация и интеркалибрация измерений химических характеристик качества воздуха и осадков проводится в Координирующем химическом центре (КХЦ) в Норвежском институте исследований воздуха (НИЛУ). КХЦ в значительной степени полагается на активное участие Сторон, которые эксплуатируют посты мониторинга. Два метеорологических синтезирующих центра в разных частях Европы, один – западный центр (МСЦ-Запад) в Норвежском метеорологическом институте, и другой – восточный центр (МСЦ-Восток) в Гидрометеорологической службе в Москве отвечают за окончательную оценку метеорологических данных и работают в тесном сотрудничестве с КХЦ. МСЦ-Запад отвечает за моделирование и оценку загрязняющих веществ, включая серу, фотоокислители азота и атмосферные частицы. Разработка моделей для тяжелых металлов и СОЗ лежит на МСЦ-Восток.
Центр по кадастрам и прогнозам выбросов (CEIP), размещенный в Агентстве по окружающей среде Австрии (Umweltbundesamt), собирает данные по прогнозам и выбросам подкисляющих загрязнителей воздуха, тяжелых металлов, твердых частиц и фотохимических окислителей от Сторон Конвенции; анализирует поданные кадастры в целях повышения качества отчётных данных и готовит наборы данных в качестве входных данных для моделирования переноса на большие расстояния.